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由于工效挂钩方案的批复，包括工资的基数、经济效益基数等由劳动和保障部门、财政部门共同审核。并且自始至终税务机关不介入，从而形成了工效挂钩工资税前扣除在税收管理上的盲区。
一是中介机构受利益驱动，出具虚假的财务报告，使批准的结算工资总额与企业应当结算的工资总额往往大相径廷。按照申报审批管理的规定，实行工效挂钩的企业的经济效益必须经过具有法人资格的会计师事务所进行审计。劳动等部门是以审计后的“资产负债表”、“损益表”、“应交税金及其他应交款表”和审计报告来作为计提工效挂钩工资的主要依据。工效挂钩方案的行政审批也就是集中在一、两个月内完成，有权审批的部门不可能在短期内逐个对企业进行调查核实后来确定，所以完全是凭中介机构的“一面之辞”，以盈利为目的的中介机构受利益驱动，难免会与企业串通一气，以编造虚假数据欺上瞒下。而对报告不实的问题，审批部门又可借机推脱责任。甚至于在个别地方，有权审批的部门几乎成了一个盖章的机构，对企业申报的数据不进行核实就妄加签字盖章。这样，不仅使国有资产流入个人的腰包，同时也造成国家税收的大量流失。
二是工效挂钩缺乏监督制约机制，多提工效挂钩工资无人监管的现象相当普遍。按照工效挂钩办法规定，企业按办法规定提取和列支工资，不得再以其他形式在挂钩工资外提取和列支任何工资性项目，挂钩企业的所有增资，均应由效益工资列支。同时要求各级劳动保障部门、财政部门及有关部（委）、机构对实行工效挂钩企业执行工效挂钩政策情况要严格管理、严格考核、严格兑现。劳动保障部、财政部、审计署将对企业执行国家工效挂钩政策的情况进行监督检查，对违反国家政策的行为严肃处理。但在实践中，已实行工效挂钩的企业未执行挂钩工资，特别是多计提工资的问题由于没有具体有效的制裁措施，再加上平时缺乏监督检查，使这种违法现象就会愈演愈烈。特别是一些非国有企业，资金的支配、使用完全是“私人”说了算，政府职能机构无权监督。其本身完全可以不采取工效挂钩而任意支配工资的发放，尔后在计算企业所得说时作相应的纳税调整，但为什么要实行工效挂钩？说白了，就是为了钻国家税收管理上的漏洞，以达到少缴企业所得税的目的。
实施到今天，可以说是改革开放以来生命力最长、延续时间最久的一项政策，而这个政策本身不完全是市场经济性质的，而是转轨过程中的过渡性办法。由于国有资源的垄断性功能，这项制度对其他性质的企业是不公平的。因为绝大部分利润主要集中在中石油、中石化、中移动等十几家‘巨无霸’身上，这些垄断企业几乎没有真正的竞争对手。在实行20多年的过程中，更难以适应企业收入分配制度改革的要求，需积极创造条件从直接管理转向间接调控，探索建立适应市场经济和现代企业制度要求的工资总额决定新机制。
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